A lire tes indications sur les prises de vue, l'angle d'attaque de la lumière... j'en reviens tout de même à ma première idée : tu ne veux pas travailler au flash, c'est un choix que tu assumes, mais tu ne travailles pas du tout ta lumière. En macro, l'utilisation de diffuseurs, réflecteurs et autres accessoires permettant de modeler la lumière est très appréciée.
Une lumière naturelle provenant d'une fenêtre dans une pièce sombre créera forcément de grands écarts pouvant aller au-delà de la dynamique du capteur. Changer de boitier ne changera pas cette lumière. Le 6D te permettrait de monter un peu plus en ISO "proprement" mais ne corrigera pas les forts écarts de lumière.
Je pense que tu devrais aussi (et peut-être prioritairement) travailler à diffuser et utiliser un peu mieux la lumière dont tu disposes : un léger voile sur la fenêtre pour la diffuser, des réflecteurs pour la renvoyer sur les zones sombres... pas de flash, pas de lumière continue, mais un travail, un modelage de la lumière naturelle Une fois ce travail fait, tu pourras à nouveau réfléchir à changer de boitier (à moins qu'au final tu ne recherches notre caution )