Pour le mode Mode Direct / FlexiZoneAF je ne pensais pas qu'il se limitait à l'écran. En bref, cela à juste été un placebo sur mon petit esprit et j'ai sans doute "imaginé" un quelconque changement.
Pour les MR j'ai en effet trouvé un topic qui l'explique bien et où vous donnez un lien externe sur un dossier traitant le sujet qui résume très bien mon problème de focale décalée. D'autant que j'ai fais des tests ce matin en bon éclairage et qu'en effet le problème persiste sur tous les clichés.

Sinon comme le dit justement Oly, mon problème à la base était le soucis au niveau de la MAP. Sauf que je pensais que ces 2 problèmes (celui de la map et celui des MR) étaient liés. Je me rends compte à présent que se sont 2 problèmes distincts.
Si le problème des MR semble pouvoir être rétabli (je vais m'y atteler aujourd'hui), en revanche celui de la map persiste mais seulement en très basse lumière (mais j'ai tésté dans les extrêmes aussi). Sinon, depuis votre suggestion de ne me servir que du collimateur central et de passer en One Shot, je n'ai plus de soucis en basse lumière.