Perso ce que je n'aime pas chez Nikon c'est l'ergonomie des boîtiers et de leur menus, c'est vraiment peu intuitif je trouve (je côtoie très souvent des Nikonistes et leur boitiers). Malgré ça certains de leurs boitiers sont très intéressants comme le D700 ou le D3s par exemple, mais j'ai commencé chez Canon et j'y reste.
L'ergonomie est mieux pensée, tout tombe direct sous les doigts, les menus sont clairs et organisés, puis niveau parc optique le choix est vite fait pour moi.

Après ceci n'est que mon avis, certains préfèrent manier du Nikon, d'autres du Canon, Sony, Pentax... chacun ses goûts ;-)