Un élément de réponse concernant la différence de couleurs (en tous cas une hypothèse) : DPP applique automatiquement le profil de l'appareil photo. Tu l'utilises bien dans Camera Raw ?
J'ai noté que sans utilisation du profil de l'appareil, les photos de mon 400D sont différentes : moins saturées, surtout sur les couleurs claires, dans le sombre c'est moins évident.

Enfin, c'est une piste