Je crois que j'ai trouvé le problème:
Rawshooter ne crée pas le thumbnail dans les exifs, et du coup la bibliothèque PHP ne comprend pas ce qu'il lit et plante.
A vérifier si c'est une option dans rawshooter ou pas.

Sinon, j'ai trouvé aussi la (une) solution:
Avec Exifer ( gratuit: http://www.exifer.friedemann.info ) on peut créer ce thumbnail: clic droit sur le fichier dans la partie "table lumineuse", puis EXIF/IPTC -> Thumbnail -> Create thumbnail.
C'est tout, ensuite l'Eoscope accepte la photo et retrouve tout le reste.
A noter qu'on peut parfaitement selectionner plusieurs photos en même temps, ça marche.

(je suppose que ce n'est pas l'absence de thumbnail qui fait planter la fonction PHP, mais un offset de vérif qui doit être faux dans ce cas).

Edit: je viens d'ouvrir avec Photoshop puis "enregistrer sous" la photo planteuse, ça suffit à créer la vignette EXIF sans que j'ai touché à la photo !