Si tu n'affiches pas à 100%, il y a rééchantillonage pour l'affichage. Et il est d'autant plus important (et l'effet d'autant plus visible) quand on a beaucoup de pixels. Ce qui est le cas avec ton 5DmII.

J'ajoute que tes optiques sont surement aussi plus précises sur le 40D (parce que moins de pixels) que sur le 5DmII.

Parce que là, je ne vois aucune explication "logicielle" au phénomène que tu décris.

Zoome à 100% et compare cote à cote, la sortie et le RAW. Normalement, il ne devrait pas y avoir de différence.