Pour ma part, c'est digikam.
Depuis la version 0.9.0, il gère les images 16 bits. Son algo "refocus" est pas mal pour la netteté : Photographic Editing
L'action sur les paramètres est intéressante, et après quelques essais (pas évident de trouver les bons réglages du premier coup tellement il y en a ) on obtient un résultat assez impressionnant. Il existe dans digikam 2 autres outils de netteté, mais beaucoup moins efficace à mon goût.

Au niveau du workflow, digikam interface dcraw, et gère la dérawtisation en 16bits et peut appliquer les profils icc. Ensuite, TOUS les plugins de correction de digikam savent travailler en 16bits.

Pour moi, c'est LE meilleur outil actuel pour la derawtisation/correction des photos numériques sous linux (tant qu'on a pas besoin de calques multiples, il ne gère pas les calques).

Cinepaint est effectivement intéressant pour sa gestion du 16bits et meilleure gestion des profils ICC que gimp, mais en terme d'efficacité des outils de correction, je ne retrouve pas la qualité que j'obtiens avec digikam.

Si ça peut aider

Guillaume