Oui, avec DPP le fichier est réellement modifié, comme avec RawImageTask d'ailleurs.
Comme tu le dis ça n'a pas d'influence sur les données elles-mêmes, aucun logiciel de RAW ne verra la différence.

Je trouve ce choix un peu étrange, je préfère nettement passer par des fichiers séparés.
(tant qu'ils sont stockés dans le même répertoire ou dans une moindre mesure dans un sous-répertoire).