Les problèmes de transfert dont j'ai entendu parler provenaient d'un mauvais choix de protocole de transmission.
Mais, sauf erreur de ma part, le 40D ne possède qu'un protocole de transmission. Le problème n'est donc pas là...

Pour trouver la source du problème je te suggère de voir ce qui se passe :
- quand tu branches ton appareil sur un autre micro,
- quand tu branches un autre appareil (de préférence un 40D) sur ton micro,
- si tu utilises une autre carte...

Edit : comment se présentent les noms des 2 fichiers d'une même photo ?