Je ne vois rien de si étonnant à avoir ce type de bruit à 1000ISO en RAW avec le 40D.
Je serais d'ailleurs curieux de voir la même photo à haut ISO faite sur le 400D...
Peux-tu poster 2 crops de photos identiques (RAW) faites dans les mêmes conditions, sur les 2 boitiers ?

Sinon, essaie sous DPP 3.2 pour voir, en débruitant d'abord d'un cran la chromiance, puis éventuellement la luminance d'un cran aussi (mais là ça fait baisser le piqué).

Mais attention, avec des photos faites à f/1.6, la sensation de flou (ton image d'exemple) générée par la pdc ultra faible et les conditions de la prise de vue côté lumière (vitesse d'obtu un poil limite) peut inciter à booster un peu trop la netteté, ce qui a forcément un fort impact sur le bruit.