Si vous utilisez Lightroom, importez avec Lightroom et oubliez le reste.
Vous ne verrez effectivement que le fichier RAW, mais le JPEG sera bien la en fichier associé; et une fois votre traitement fait il y aura également le fichier "sidecar" XMP qui contient toutes les autres données relativesà la photo (mots clé, paramètres de développement, localisation, ...)