Je ne vois pas comment ton lecteur de carte aurait pu endommager un des trous de ta carte.
Dans un lecteur, c'est la même chose que dans ton boitier: une série de picots très fin, donc incapables d'abimer ta carte: ils plieraient avant .

Perso, je suspecterait plutot ta carte.

Mais en tout état de cause, la réponse de Canon est parfaitement normale: c'est comme si tu allais voir ton garagiste en lui demandant de faire jouer la garantie parce que tu a abimé la carrosserie de ta voiture en passant dans une rue ou quelqu'un était mal garé.