A mon avis :
Si tu fait plutôt des photos loin du sujet (animalier, sport, macro animaux farouches), prends le 40D, sinon si tu es plutôt près prend le 5D (paysages, portrait, macro fleurs).
Le 5D fait un peu moins de bruit en hautes sensibilités mais a une densité de pixels moins élevée que le 40D. Bref des pixels plus propres mais moins de pixels au cm2 sur le capteur.
Bref cela dépend de tes usages.
Cela dépend aussi bcp de tes optiques !! Au revoir ton 17-55 satblisé mais ton 85 f1.8 sera une merveille avec un bokeh de rêve !
Seul toi peux choisir, selon ce que tu veux privilégier.
Sinon attend le successeur du 5D qui aura surement les avantages des 2 boitiers !! ;-))