L'AF du 6D sera déjà mieux que celui de ton 40D, et son point central est vraiment ultra performant (et même en très basse lumière) d'après ce que l'on peux lire à droite à gauche !

Ce boitier t'apporterais à mon avis tout ce dont tu sembles avoir besoin, la montée en ISO, la qualité de l'image, la rendu particulier du FF, ...
de plus, tu as des optiques qui lui iront très très bien.

Le Mark III est vraiment plus cher, et là c'est vraiment dur de juger, si vraiment tu ressens le besoin d'un AF de folie !
Ce sont des gammes qui évoluent plus lentement que les autres, et il est très récent ce Mk.3, mais je ne saurais pas te dire combien de temps avant qu'il ne soit obsolète.

PS : tu n'utilises pas du tout les RAWs ?