Déjà une question existentielle de bon matin
Ce sont de toute façon deux très bons boitier mais l'un est en fin de vie alors que l'autre vient d'arriver.

Je pense que cela dépend surtout de ton type de photos en effet, le 5D sera plus pour du portrait, du studio de la compo alors que le 50D te permettra presque de la photo de sport.
Vue que tu disposes déjà d'un parc d'optique FF ce qui est un choix raisonné je me demande pourquoi ne pas profiter du FF du 5D mais il montera moins dans les iso, est moins rapide en rafale ( enfin cela ne me gène pas car je ne shoot pas comme un fou sauf rare exception ) il y a une énorme différence au niv du processeur ( 2 générations => du DIGIC II au DIGIC IV ) l'écran passe d'un 2" à un 3".
Je pencherai plus pour un 5D mais bon c'est un avis purement personnel.
En ce qui me concerne je voulais surtout passer au FF et disposer au minimum du double de pixel par rapport à ce que j'avais avant => 16Mp => cela aurait été le 1DS MkII mais bcp trop cher même en occase :s
Voilà je ne sais pas si j'ai pu t'aider sur ce coup mais le mieux est de voir tes besoin et surtout de tester en live les 2 bêtes c'est toujours mieux.
Attention que le poids du 5D est conséquent.

Bonne journée