Oui le D700 est un peu meilleur en hauts iso (en RAW, un peu moins de lissage et moins de bruit coloré à partir de 1600/3200 iso je dirais au vu des nombreux comparatifs qu'on trouve ici ou là, dont le tiens) et il a une rafale plus élevée que le 5dmkII, ce qui fait de lui un appareil très polyvalent
Il se dit aussi que son AF et sa mesure de la lumière sont plus stables que ceux du 5DmkII (car plus de cellules de mesure notamment)

A part ça, le 5DmkII permet de mieux recadrer l'image (une technique que perso j'essai d'éviter) et d'imprimer en plus grand en bonne qualité (à 300ppi, disons taille A2 pour le 5dmkII contre A3 pour le D700) et donne accès à la gamme optique Canon, qui est un peu plus étendue que celle de Nikon actuellement.

Pour la différence de prix de la gamme optique, les différences tendent à disparaitre sur les récents objectifs (les 70-200mm F2.8 sortis récemment dans les 2 marques), mais en effet, de façon générale, les objectifs Nikon sont un poil plus chers (ils sont un poil plus performants aussi parait-il en général)

Après le mieux est d'essayer les boitiers pour comparer l'ergonomie et la prise en main, là c'est une question de gouts persos, aucune des 2 n'est franchement meilleure, Nikon privilégie 1 bouton pour une fonction (ce qui fait au final bcp de boutons), alors que Canon minimise le nb de bouton avec des boutons multi-fonctions (ce qui fait qu'il faut se souvenir que bouton donne accès à quelles fonctions), question de philosophie

perso si je devais commencer à m'équiper maintenant, j'aurais choisi le D700 pour sa plus grande polyvalence, mais le 5DmkII est un très bon boitier aussi

bon choix