Je ne connais pas le 5D mais pour l'aspect "40D vs 1D II" dans ton cas, le 40D est plus efficaces au dessus de 800 iso pourtant l'AF, le viseur 100%, le coef (1.3) moins fort que sur APS-C et la prise en main font pencher la balance en faveur du 1D II (course de voiture / map en faible lumière).

Pour la gestion du bruit, il paraît que sur le 1D II, en calant bien l'histo à droite, on arrive à avoir un bruit très correct à haute sensibilité, pour ma part je n'ai pas encore trouvé les bons réglages.

Enfin, l'aspect poids du boitier n'est pas à négliger et d'autant plus si tu vas vers le 24-70 L qui pèse lourd.