Pour le viseur tu t'es gouré de case, celui du 5D est meilleur, en tous cas plus grand.
Pour l'AF on ne sait pas encore lequel est le plus performant des 2, attendons les tests.
Enfin, tu ne l'a pas mis, mais la taille et le poids sont à l'avantage du 40D.

L'intérêt du 5D sur le 40D c'est son capteur full frame et tout ce que cela implique, si tu n'en as pas l'utilité je ne vois même pas l'intérêt d'envisager de prendre un 5D ?

Bref ton choix se résume à : "ai-je besoin d'un capteur full frame dans mon futur appareil ?"