Que ce soit le 5D III ou le 6D il n'y aura aucune différence au niveau de la compatibilité. Tu devras te passer de ton 18/55 dans un cas comme dans l'autre. Pour le flash normalement aucun souci (quel modèle?). L'AF du 5D est très complet et peut faire face à la plupart des situations, même les plus complexes (à condition d'être bien utilisé!). Celui du 6D pourra faire face sans problèmes à la majorité des situations du quotidien, il est déjà une franche amélioration de l'AF du 5D II.
Côté ergonomie le 5D est un peu plus gros et possède un joystick (sélection collim) que n'a pas le 6D. Par contre avec la différence de prix tu te payes un bon transtandard (24-105 ou Tamron 24-70 VC pour remplacer ton 18-55)
Quel type de photo fais-tu?