je fais beaucoup de photos dans les églises et je monte sans problème à 12800 isos, le 5d3 a globalement les mêmes performances que le 6d .

L'intérieur d'une église avec des micro détails (pierres) est une situation favorable, car il y a beaucoup de micro détails et on voit moins la luminance due à la montée iso. Les grandes surfaces unies sont les plus contraignantes (porte peinte). Un objectif stabilisé est un plus pour descendre à des vitesses 1/8 ou 1/15 éme.
Les logiciels de traitement proposent des réducteur de bruit sont assez efficaces. Après tout dépend de la taille de tes tirages.

Dans les autres conditions le flash est un plus , au début j'étais réticent et aujourd'hui j'apprécie beaucoup son utilisation pour déboucher des ombres un contre-jour en extérieur, faire des photos d'intérieur a des vitesse élevées avec la HSS.
Un flash yongnuo c'est 100€ environ.