En fait on peut régler le comportement de la vitesse sélectionnée par le boitier en mode AV avec les CFN (dispo également avec les modèles antérieurs au 550D).
On peut choisir de bloquer à la vitesse max de synchro (1/200), vitesse à laquelle le flash produit son max de puissance. Perso je ne le fais pas, de toute façon j'utilise la synchro haute vitesse de mon flash cobra pour aller bien au-delà (jusqu'à 1/4000), nécessaire pour du fill-in en extérieur avec de grandes ouvertures (portrait à 2.8 par exemple)

Sinon pour le mode M effectivement la mesure d'exposition du boitier n'est pas utile avec le flash, car on est souvent en-dessous de -2 EV (c'est le maximum que peut afficher le boitier, c'est dommage)
Avec des enfants je vais mettre en vitesse 1/125, avec des adultes 1/90.
Pour l'ouverture un portrait isolé ce sera 2.8, une tablée 5.6 voire 8.
Pour les ISO si lumière ambiante correcte ISO400, si très faible ISO1600. Pas plus car après ça bruite sur mon boitier.
Et le flash cobra orienté vers le plafond avec correction d'expo flash à +1 (si flash en direct +0). En diffuseur le top c'est l'oreille de lapin, une partie de lumière va au plafond, l'autre en directe (pour avoir la pupille qui brille, enlever l'ombre sous le nez). Sinon plus discret le capuchon en plastique (éclaire dans toutes les directions).