Question peut être bête mais as-tu déjà essayé un boitier Nikon et un boitier Canon? Il y a des différences d'ergonomies qui selon les goûts peuvent orienter le choix vers l'une ou l'autre marque.
Niveau optique, comme l'a dit max Nikon a l'avantage côté grand angle: leur 14-24 n'a pas d'équivalent chez Canon, et personnellement je préfère leur 16-35 au nôtre, par contre pour ce qui est des objectifs à décentrement, les Canon 24 et 17mm m'ont paru meilleurs.
Côté portrait Canon a l'avantage avec ses objectifs ouvrant à f/1.2 qui n'ont pas d'équivalent en jaune.
Le point commun entre tous les objectifs dont je viens de parler c'est qu'ils sont très couteux, et en effet je pense que ce n'est que sur ce genre d'objectifs assez spécifiques qu'il y aura des différences sensibles. Sur les objectifs plus commun la différence sera très faible entre les deux marques, à part la légère dominante jaune dans les couleurs chez nikon.

Sinon en face du 17-40 il y a en jaune le 18-35G qui vient (ou va) tout juste de sortir, apparemment même prix mais meilleur que le Canon.