Chez canon, les deux sont bons, le 100 mm etant à mon sens une focale plus polyvalente (mais c'est une habitude personnelle, pas une règle) servant pour le portrait, et compatible FF (bon, je pense que c'est un argument fallacieux pour la plupart, mais pour moi, c'est une critère rédhibitoire ayant les deux formats). Le 100 permet de rester un peu plus éloigné des insectes, ce qui n'est pas forcément un mal.

Sinon, ailleurs, pour moins cher, tu as aussi le tamron 90 macro (que j'ai) qui a un excellent rapport qualité/prix. D'un point de vue optique, il est au moins aussi bon que les canon, là où il pèche, c'est de par sa construction : plus légère que le 100 macro, il s'allonge à la mise au point, et a une motorisation tamron (comprendre par là un AF plus lent que l'USM, et bruyant), mais reste agréable à manipuler malgré tout. Globalement, j'en ai été très content.
Si je devais acheter un objectif macro pour débuter, je pense que je suivrais le conseille donné plus haut : commencer avec une bonnette. Ca coûte moins cher, ça t'évite de trimballer un objectif supplémentaire, et tu gardes malgré tout une très bonne qualité d'image pour peu que tu achètes une bonnette digne de ce nom (canon, raynox principalement)
D'ailleurs, je pense justement revendre mon objectif macro pour passer à une bonnette. Faisant trop peu de macro pour garder un objectif dédié, mais appréciant au besoin de prendre des détails de près.