Ayant possédé les deux focales (j'ai revendu le 60mm/2,8 pour acheter le 100 L IS), je peux donner un avis comparatif.

A l'avantage du 60mm, son prix. On le trouve facilement en état impeccable à 250€ en seconde main.
Les résultats sont très bons. Assez polyvalent, il rentre cependant dans le range du zoom transtandard. Une profondeur de champ plus grande que le 100.

A l'avantage du 100 mm, un petit télé pour les autres usages.

En pratique, il est difficile de prendre un papillon en photo avec le 60mm, on entre dans la sphère d'alerte de l'insecte. Tout dépendra donc du type de sujet. La macro, ce sont aussi les fleurs, les champignons, les maquettes, la repro de médailles, timbres, etc. ce qui convient parfaitement au 60mm.

Je dirais donc selon le critère d'achat à qualité égale:
le prix: 60mm
la focale: 100mm

N'oublions pas que l'objectif EF macro le moins cher de la gamme Canon est le 50mm/3,5.