C'est normal que ça ne fonctionne pas avec un 2X. Ton 400mm f/5.6 devient un 800mm f/11!!!

Si sur des boitiers comme le 5D ou le 50D, canon désactive l'AF en dessous de f/5.6, c'est pas pour rien. C'est qu'en dessous, les résultats ne sont pas assez fiables.

Avec un 1.4X tu passerait à f/8, l'AF peut encore s'en sortir de temps en temps si l'ambiance est assez lumineuse ,mais à f/11 c'est mission impossible.

Pour information, sans bricolage, un boitier pro 1D ou 1Ds garde son AF jusqu'a f/8 (et encore,seulement sur le collimateur central).
Alors un boitier d'une gamme en dessous.......