Pour être un peu plus précis:
Un TC 1.4X multiplie la focale par 1.4 mais fait perdre 1 valeur d'ouverture : ainsi un 100mm f/4 devient un 140mm f/5.6

Or le 100-400 a pour valeur d'ouverture f/4.5-5.6 ce qui veut dire :maxi f/4.5 à 100mm et f/5.6 à 400mm.

Si on monte un TC 1.4X sur le 100-400, il devient donc un 140-560 f/6.3-8 .

Or les boitiers Canon autre que les 1D et 1Ds voient leur AF désactivés si l'objectif n'ouvre pas au moins à f/5.6. C'est donc normal qu'avec ton montage 100-400 + TC 1.4X tu perds l'auto-focus, si tu n'a pas un 1D oou 1Ds (et encore, sur ces derniers seuls le collimateur central reste actif).