La différence entre les deux se situe dans la construction et la stabilisation, le L est stabilisé et dispose d'une construction plus robuste.

Au niveau image les deux donnent des résultats quasi-identiques, avec un très léger avantage au 100 L, cela dit le niveau atteint par le non-L est déjà excellent.
Pour se lancer dans la macro le 100 non-L est parfait, il est deux fois moins cher que le L pour une qualité d'image équivalente, la stabilisation du L est un plus indéniable mais l'investissement est plus conséquent.

En gros : EF 100mm f/2.8 macro USM