Possédant les 2, je leur trouve des qualités respectives très intéressantes mais si je devais en garder un seul, ce serait le Canon.

Cela étant tout dépend du besoin. Le Sigma à effectivement l'avantage de permettre la photographie de sujets un peu plus farouches comme les papillons. En outre, couplé à un doubleur de focale, il permet un rapport de 2 très intéressant pour une qualité d'image excellente et un coût assez faible (par rapport au doubleur Canon). On obtient également un bon objectif pour l'animalier à longue focale (300mm) ; toutefois la motorisation reste lente pour les sujets en mouvements rapides. Possibilité de détacher le sujet de l'arrière plan assez facilement également.

Le gros avantage du Canon reste son IS des plus performants, couplé à un piqué à la pointe.
Mais en terme de piqué, le Sigma n'est pas à la traîne non plus. Comme dit plus haut, tous les objectifs macro on un excellent piqué. Le bokeh fera davantage la différence.
Enfin dernier point, le Canon à l'avantage pour le portrait (un plus pas négligeable).