C'est peut-être simplement qu'ils ont "éclaté" un kit, par exemple 5D + 24-105.

J'ai eu le cas inverse (mais avac un autre commerçant). J'avais commandé un 5D nu. Il est arrivé dans la boite du kit, sans le 24-105 bien sûr.
D'après le vendeur, c'est parce que Canon ne livre pratiquement que des kits et très peu de boitiers. Pour servir ses clients (dont moi, en attente depuis 2 semaines) le vendeur a éclaté des kits et vendu séparément boitier et objectif.

Sur la boite il y avait l'étiquette du numéro de série du boitier (pour le cash-back) mais bien sûr pas celle de l'objectif. Je suppose qu l'objectif a été expédié sans boite d'origine mais avec son étiquette pour le cash-back.

Il semble que ce soit une pratique courante chez les vendeurs pour pouvoir honorer les commandes de boitiers ou objectifs nus, faute de livraisons idoines de la part de Canon.