Bon ben je me réponds à moi-même, des fois que ça intéresserait quelqu'un... L'aide du logiciel dit ceci, je cite :

"PhotoStitch prend en charge les types d'image suivants : BITMAP, JPEG, TIFF, PICT, Photoshop, PhotoCD, Flashpix"
Et en sortie :
"PhotoStitch peut enregistrer des fichiers aux formats suivants : BITMAP, JPEG, TIFF, Photoshop, Flashpix".

Je suppose donc que pour obtenir quelque chose de quali, il vaut mieux commencer par générer à partir du RAW un format sans perte (TIFF sans perte, par ex.. Je suppose que "photoshop" veut dire DNG ?), puis "coller" ("stitch") le tout.
On peut même re-sortir sans perte pour continuer à tripoter le truc sous un logiciel, DXO, LR, DPP...

Hop.