je viens de faire le test avec LR 4.1 sous Windows 7 x64 en utilisant exactement les même options que toi. L'importation se fait bien et je retrouve bien mes photos dans le dossier 2012/06/28. J'ai essayé avec et sans jpeg joint, idem.
Je ne comprend pas ce qui se passe chez toi. Mais tu n'as pas répondu clairement à ma question : Si, après avoir importer les photos dans un dossier qui fonctionne, tu les déplaces - depuis le gestionaire de LR - dans le dossier 2012/06/27, que se passe-t-il ?