Salut, il n'y a pas grande utilité d'importer les JPEG dans Lightroom.

Personnellement je créé une arborescence du genre Année 2013\n° de la sortie - nom de la sortie et dessous je créé un répertoire RAW pour les RAW, JPEG pour les JPEG ou TIFF si TIFF et Web pour les versions internet.
Tu peux trier ainsi sans mélanger les RAW des JPEG, l'import LR serait fait uniquement sur le RAW puisque les autres risquent d'être laissé sans traitements.
Tu pourra ajouter un répertoire JPEG traité qui hébergera les versions RAW qui auront été traités

Ce en tout cas comme cela que je ferais, il y a d'autres méthodes