On ne travaille pas de la même manière, LR c'est un outil pour traiter des RAW, on peut avec traiter déjà bien mieux l'image de manière localisée (zones tonales ou zones définies) Cela permet déjà de faire qu'une image soit bien différente traitée que sans traitement. LR sait également faire du HDR, moins bien que Photomatix c'est certain, mais qui fait déjà quelque chose de correct.

Rappelons qu'au passage, le HDR s'obtient en prenant 3 photos (ou plus) si possible cadré de manière identique (le mieux est de les faire au pied) qu'on expose différemment (une sous exposée de 2IL, une exposée normalement et une sur exposé de 2IL), ou une exposé pour les basses lumières (les tons sombres), une exposé moyennement et une pour les hautes lumières (les tons clairs) Le logiciel se chargera alors de "fusionner" ces 3 images pour en exploiter le meilleur.
L'avantage de LR est qu'il crée un DNG (un RAW) qui pourra être traité une fois les images fusionnées.

Il est aussi possible de "simuler" le HDR en traitant une image pour les hautes et basses lumières mais en général le résultat ne peut pas être aussi bon qu'avec 3 images.

Donc LR traite les photos et peut faire du HDR, alors que Photomatix ne fait QUE du HDR et rien d'autre.