A mon avis, il manque un certain nombre de fondamentaux sur le fonctionnement de Lighroom et il est urgent de visiter les tutos de ouiouiphoto (ici même)
Les sauvegardes effectuées par Lightroom concernent le catalogue et vous pouvez effectivement ne conserver que la dernière.
Et pour les fichiers photo, vous pouvez vous organiser comme bon vous semble.