Installe sur la partition de Windows (C dans ton cas). Avec les performances des diques actuels, tu ne verras pas de différence et ce sera bien plus simple.
Par contre, tu auras une amélioration sensible des performances en mettant le fichier d'échange (pagefile.sys) sur le second disque, soit en créant un fichier monobloc dans ta partition E, soit en créant une partition dédiée.