J'avoue ne pas trop comprendre non plus la démarche : pourquoi utiliser 2 imports ? pourquoi DPP + LR ?

Personnellement je procède de la manière suivante (ce n'est que ma manière de faire, chacun peut l'adapter)
- je tri les fichiers sur la carte via lecteur de carte (personnellement depuis le 20D, j'ai toujours ôté mes cartes pour les décharger et je n'ai JAMAIS tordu un pin intégré à l'apn)
- je crée un dossier nominatif sur mon disque dur, sous Mes Images\Année 20XX\01-Shooting Modèle MMMM puis \02-Parc des Félins ....
- je crée dans ce répertoire un répertoire RAW, un répertoire JPEG, un répertoire Web (et un TIFF si j'ai besoin)
- je déplace les RAW restant de la carte directement dans le répertoire RAW
- j'importe dans LR
- les images traitées finissent dans leur répertoire respectifs (JPEG -> JPEG et version Web dans Web)

Je m'assure ainsi :
- de ne copier sur le dur que les images exploitables
- d'importer dans LR que les photos exploitables
- d'avoir une arborescence fichier qui peut être visitée y compris avec un explorateur de fichier et permettant d'identifier ce qui s'y trouve uniquement en regardant le nom du répertoire
- dans une même Année le numéro devant permet uniquement de m'indiquer combien de sorties / shootings j'ai effectué
- je sais donc où se trouvent EXACTEMENT mes fichiers et dans quel répertoire ils sont situés .. je n'ai pas besoin de LR pour retrouver les photos faites au Parc des Félins cette année là
- les RAW et les JPEG ne sont pas mélangés dans le même REP et je laisse dans LR que les RAW, les JPEG / Web elles ne restent pas dans le catalogue puisque si je trouve le dossier RAW, je trouve rapidement le JPEG contenant les images développées de cette même sortie
- visualiser toutes les images traitées et donc facilité puisque les images traitées se trouvent séparées des images RAW / Web

C'est ainsi que je gère, car en effet beaucoup de personnes ont tendance à laisser LR/dérawtiseur se charger de la copie vers le disque, dans des dossiers souvent datés uniquement et limite ils ne savent même pas exactement physiquement où elles se situent. De mon côté je sais exactement où elles se situent et je n'ai pas besoin d'ouvrir les images d'un répertoire daté pour savoir ce qui s'y trouve vraiment, car savoir quel shooting j'ai effectué le 26/02/2014 sans utiliser LR ou ouvrir les images, cela serait impossible.

LR me sert pour retrouver toutes les images de ceci ou de cela, ou d'un mot clé particulier, mais sinon je peux ne pas avoir besoin de lui pour trouver les images d'une sortie même si je peux évidemment utiliser LR aussi (les deux choix fonctionnent alors que dans le cas contraire ou doit obligatoirement passer par LR

Je pense qu'il te faudrait donc tenter de bien organiser l'emplacement de tes photos sinon cela va vite être le bordel

Est ce que les photos importées du 5D II sont bien dans ton catalogue LR ? Si c'est le cas, fait un clic droit puis "ouvrir l'emplacement du fichier" (ou ouvrir dans l'explorateur, je n'ai pas LR devant moi), l'explorateur / finder va s'ouvrir à l'emplacement exact de cette image sur le disque, tu pourra alors identifier où est ce qu'elles sont exactement