Normalement la désinstallation ne casse rien de l'existant. Le mieux cependant lorsqu'on fait une installation LR est de garder le même répertoire cible, il faut du coup une mise à jour qui remplace la version existante.
Dans ton cas, fait quand même un Backup via LR, tu peux aussi créer une copie complète du répertoire Lightroom, celui qui contient le catalogue et previews et faire ensuite ta désinstallation, tu aura donc sécuriser la chose, des fois que ... mais normalement il ne devrait rien "flasher" ...
Tes données modifiées le sont sur LR4 et les fichiers modifiés ajoutent des infos dans les fichiers XMP (CTRL + S si manuel)

Donc normalement tu peux désinstaller ..; prend quand même les précautions expliqués plus haut, mais c'est uniquement par sécurité, tu pourra ensuite les détruire
Par contre si tu as des Preset sur LR3 que tu souhaites garder, tu dois les récupérer avant sur la version LR3 (sinon tu peux y aller)

+