Effectivement je me suis mal exprimé : une fois mes fichiers retouchées dans Lightroom et exportées en JPG je déplace les fichiers CR2 et XMP (ils sont déplacés automatiquement par mon application), ils ne sont donc plus accessibles depuis LR. Je supprime donc leur référencement depuis LR. Lorsque je veux à nouveau passer par LR, je mets les CR2 et les XMP dans un répertoire et les réimporte dans LR.