Sauf à la visionner dans LR, une image sous LR doit être exportée pour être visible (web, impression, fichier, etc.). Donc le moment propice pour ajouter le filigrane est bien à l'export, comme le propose LR.
Si je comprend bien, tu veux pouvoir choisir l'emplacement du filigrane en fonction de l'image ? Pourquoi alors ne pas enregistrer plusieurs filigrane correspondant à plusieurs emplacements ? Il te suffirait de choisir le bon au moment de l'exportation.
Cette solution n'est évidement pas valable si ton souhait est de placer le filigrane sur un élément précis de l'image. Pour cela, LR n'a pas de solution directe. Je ne vois que l'utilisation d'un éditeur externe tel PS, soit l'utilisation d'un plugin s'il y en a un qui te permet de le faire (si un utilisateur de Mogrify passe par là...)