J'ai rencontré le même problème quand je suis passé de la version d'essai à la version définitive.
J'avais beaucoup de photos en double.
Elles avaient toutefois été renommées en _2, du fait que LR ne trouvait plus l'original....et LR me signalait ( en mode biblio et photo plein format) que le fichier original était manquant..
Pour chaque photo manquante, j'ai réindiquer à LR le bon emplacement (Métadonnées---> chemin d'accès ) puis supprimer les photos en _2...depuis plus de problèmes..
Bon, je n'avais qu'une vingtaine de photos concernées, cette manip n'est sans doute pas la meilleure pour une plus grande quantité...