Ma question est de savoir comment faire pour les déplacer physiquement donc, sans que mon catalogue LR ne le remarque.
Au contraire, il vaut mieux que LR le remarque !

l'autre option consiste à créer un nouveau dossier à l'emplacement de ton choix à partir du module Bibliothèque de LR : après tu glisses tes photos dedans (toujours avec LR)
Encore plus simple : tu déplaces tout simplement les dossiers depuis LR.

En faisant le déplacement des photos depuis LR, non seulement celui-ci déplace physiquement les dossiers/photos mais il met à jour son catalogue pour y indiquer les nouveaux emplacements.