Si tu as sauvé les modifs sous un fichier à part (1 par photo, format xmp, à activer dans les préférences), il reconnait toutes tes modifications... Dans ce cas, tu fais "synchroniser" le dossier pour qu'il mette à jour les emplacements d'images.

Perso mon rangement c'est par année (2012) puis par mois (01). Ensuite, je sélectionne les images selon leur date (grâce aux exifs, menu "Métadonnées" en haut) et je les mets dans le dossier qui correspond au bon mois.

Ensuite, pour tout déplacement de mes Raw, je passe par LR, comme ça il ne perd pas leur trace...