Je pense qu'il faut déterminer une structure (ensemble de répertoires) pour le "travail" (développement, post-traitement, tag,..., Raw/jpg) et une autre structure pour les photos "visibles" (jpg).
Tu travailles tes photos dans la structure "travail ".

Tu exportes les photos traitées destinées à être vues dans la structure adaptée.
Un peu comme quand on passe par les modules de publication " facebook" ou "flickr"