Si tu as bien défini tes mots clés, peu importe le classement physique des photos sur le HD.
Comme dit plus haut, avec LR, les collections dynamiques ou les sélections par mots clés conviennent très bien.

Je pense qu'il faut se poser la question de savoir ce qui caractérise de façon UNIQUE une photo. Pour moi c'est : date de prise de vue, lieu de prise de vue ==> donc je renomme par Date+Heure et je trie mes photos dans des dossiers par Lieux (par exemple un dossier Paris où j'ai toutes mes photos de Paris depuis le début).
Par contre pour faciliter le post-traitement je conserve les 2 dernières années de photos "actives" dans un autre mode de Classement. Exemple : Photos\2014\Paris, Photos\2013\Marseille, ...


Pour les autres caractéristiques de la photo qui ne sont pas forcément uniques, il y a les mots clés. Exemple : Noêl = Famille, Amis, Repas, Fête, Sapin, Cadeaux, Enfants, Neige, etc., etc.
On trouve facilement des Thésaurus "prêts à l'emploi" sur le net ... Par exemple : Nouveaux thesaurus lightroom en français : Standard IPTC, pays du Monde, photo culinaire et autres mots clés utiles - MARIE & JULIEN

A chacun SA méthode