Il est vrai que dans les répertoires système Canon se trouvent aussi bien des fichiers liés à l'imprimante que des fichiers liés aux applications photo.

Une première solution "propre" serait à mon avis (si tu ne l'as pas déjà fait):
. désinstaller ton imprimante (par le panneau de configuration)
. réinstaller l'imprimante
. mettre à jour le pilote si nécessaire.

Mais à mon avis, cela ne changera rien au fait qu'en important une image du scanner depuis PSE, tu ne pourras l'enregistrer qu'en BMP.