Vilcoyote a parfaitement résumé la chose, et Ldo a répondu en grande partie à la question par la réponse "ce n'est pas possible, tout les claques ont forcément la même taille, c'est ta zone de travail". Car c'est là effectivement la grande différence avec Gimp, et venant de ce logiciel, je n'avais pas pensé qu'il pouvait en être autrement.

De mon coté, j'ai trouvé par hasard hier soir comment résoudre la dernière partie du problème (la visibilité des vignettes) en cochant "Écrêter les vignettes selon les limites du calque".

Pour ce qui est de la confusion avec le redimensionnement, pensez simplement au crop dans Lightroom : lorsque vous croppez, vous redimensionnez les bords de votre image, sans pour autant en changer les dimensions du contenu. Ce qui est complètement différent de la transformation manuelle sous Photoshop, par exemple. Si je parlais simplement de "redimensionner un calque", on m'aurait parlé de faire Ctrl + T, ce qui n'était pas le but recherché.

Pour conclure, la grosse confusion venait du fait que sous Photoshop, le "canevas" des calques est égal à la taille de la zone de travail, tandis que sous Gimp, il en est séparé (il y a un canevas pour la zone de travail de l'image, et un canevas par calque). Sous Gimp, un grand canevas de calque vide (en transparence) prend beaucoup de place inutile, mais d'après mes tests, sous Photoshop, ça ne prend pas de place en plus.

Du coup, pour résoudre totalement mon problème et retrouver ce que j'avais sous Gimp, il m'a suffit de faire une sélection rectangulaire de la partie du calque à conserver, de l'intervertir, de la supprimer (sur le calque, pas sur son masque), puis de cocher "Écrêter les vignettes selon les limites du calque" en cliquant droit sur la vignette.

Merci à tous pour votre aide !