A la fin, tu peux aplatir ton image, oui. Sauf si tu souhaites conserver les calques. Ça dépend beaucoup de la finalité de ton travail. Il m'arrive assez souvent, pour des illustrations complexes de conserver le .psd avec tous les calques, au moins le temps d'être certain de ne pas avoir à revenir sur le document.
Tu peux "enregistrer sous" en aplatissant l'image.