Oui, quand les écarts de luminosité sont trop importants, il faut bien faire un compromis, à savoir privilégier en gros le sol, le ciel ou un mix pas génial. Dans ton cas, il doit justement y avoir trop de différence de luminosité entre ton ciel sans doute blanc et ton vtt-iste pas trop bien éclairé.
Ne te fie pas trop à des on-dit pour régler ta balance des blancs ou tes ISO selon la météo, ça risque de te perturber plus que de t'aider car tu vas prendre ces données comme incontournables alors que sur le terrain ça peut être très différent.
Si tu as des soucis avec la balance des blancs, essaie de shooter en RAW : ça fait pas mal et c'est archi facile de tout recaler en post-prod si la dominante n'a pas été la bonne à la prise de vue !

Donc, pour revenir à ton exemple, tu as dû, en restant assise, cadrer trop de ciel, ce qui a fait sous-exposer ton apn (il a "vu" trop de lumière forte dans son cadre, en mesure matricielle, c'est classique). Le fait d'être en mode M ne va pas non plus forcément t'aider, c'est pas une approche très simple pour réagir vite au moment de la pdv...
Essaie le mode Tv si tu shoote du VTT : tu te cales à une vitesse assez élevée pour figer tes sujets (1/750 à 1/1000 c'est pas mal en effet) et tu prends alors ta mesure de lumière sur la zone "sol" et non avec trop du ciel. Pour fiabiliser la sélectivité de ce que tu mesures, passe en mesure centrale, ça évitera que l'apn voit trop de ciel pour sa mesure.
Là tu vas voir quelle ouverture l'apn te propose. Si l'ouverture clignote, c'est que tu n'as pas assez de lumière. Il faut alors augmenter la sensibilité ISO si tu ne veux pas toucher à la vitesse. Une fois que tu obtiens une ouverture qui te vas, soit tu verrouilles ce réglage à chaque fois (touche *), soit la lumière de la scène est constante et alors tu peux reproduire ces réglages en mode M pour que le cadrage n'influe alors plus sur la mesure : tous tes shoots se feront à réglage identique.
Bien sûr, prendre la mesure de lumière plutôt sur la zone "sol" va privilégier cette zone au détriment du ciel qui va être alors délavé voire cramé. Mais c'est un choix à faire, d'où le fait de cadrer le minimum de ciel dans ce cas.

Après, il peut aussi y avoir d'autres pièges si par exemple la partie "sol" est composée d'arbres sombres : l'apn va alors mesurer une lumière faible et va un peu trop surexposer ton vttiste qui va passer sur ce fond sombre !
Quand tu ne sais pas trop, prends la mesure sur du gazon vert ou sur la paume de ta main, éclairée comme le sujet que tu veux photographier, ça marche pas trop mal.

Et pusi donc n'hésite pas à faire du RAW (voire RAW +jpeg) pour assurer pas mal de correctifs après coup que le jpeg ne permet pas.

J'espère ne pas avoir été trop confus dans mon texte !