Ton lecteur de carte est trop vieux, il ne reconnait probablement pas les cartes SDHC (carte de 4Go et plus).
Changes de lecteur: ca se trouve pour une dizaine d'€ dans toutes les bonnes boucheries

Concernant le fait que si tu branches ton boitier , il ne voie pas les .cr2, c'est normal.
Lorsque tu branches ton appareil, windows le voit comme un périphérique d'image, et pas comme un périphérique de stockage (clé usb, ou disque dur externe).
Il ne présente donc que les fichiers "images" qu'il trouve sur le périphérique en question, et pour windows , un .cr2 n'est pas une image, il ne le voit donc pas sur le périphérique, ou plutot il te présente la vignette jpg que contient le raw.

Alors que si tu mets ta carte dans un lecteur qui la reconnait (ce qui est le cas de celui de ton imprimante) il voit bien tous les fichiers présent sur le media.