Moi aussi je me joint à vous sur ce sujet passionnant et vous apporte mon expérience:

J'ai un 40D et j'ai pu testé un 5D dans les mêmes conditions que mon 40. Bon c'est pas des tests dans des conditions labo non plus hein....

Et bien concernant l'AF 40D vs 5D voici mes remarques:

Je ne vous refait pas le topo de l'af trop centré du 5D dont on nous rabache les oreilles. Je n'ai utilisé que le central en Oneshot quasi exclusivement.

Et bien sur 100 photos faites avec le 5D une seule ou la mise au point était mauvaise. Bref un très faible taux de déchet pas rapport à mon 40D. J'en étais écoeuré... sans parler du reste...
Bref sur cet aspect précision du vieil AF du 5D (ex 20D modifié) on m'a expliqué ici et là qu'il était plus précis car le rapport taille collimateur/ taille capteur était plus faible sur le 5D que le 40D donc plus discriminant.

Maintenant, j'attends impatiemment le complément de réponse de Silver-dot mais j'ai déjà dans l'idée qu'il va évoqué la qualité des cages reflex , tirage mécanique...